logo好方法网

多基因检测用的探针库、杂交试剂盒和多基因检测的方法

技术摘要:
本发明提供了一种多基因检测用的探针库,其包括针对与多种肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针,多个基因至少包括与化疗药物相关的单核苷酸多态链所在的基因、靶向药物相关基因、以及用于免疫治疗的微卫星稳定性相关的基因和病毒基因,针对单核苷酸多态链所在  全部
背景技术:
肿瘤是严重危害人类健康的疾病之一,是导致人类死亡的最主要原因之一。在中 国,1/4的死亡者死于肿瘤,居死亡原因之首。根据2017年2月,国家癌症中心发布的中国最 新癌症数据显示,2013年我国新发病例368万例,占世界癌症新发病例的1/4,发病率186/10 万人,死亡率109/10万人。 选择正确的治疗方式和药物对于肿瘤的治疗十分关键。美国国立综合癌症网络 (National  Comprehensive  Cancer  Network,NCCN)每年都会发布各种恶性肿瘤临床实践 指南,得到了全球临床医师的认可和遵循。癌症的治疗手段主要包括手术、放疗、化疗、中医 中药治疗等传统治疗手段,以及靶向治疗、免疫治疗等最新的治疗手段。无论是靶向治疗还 是免疫治疗,治疗方案的选择和预后,都与肿瘤患者基因变异的情况有显著关联。除了靶向 治疗和免疫治疗等最新的肿瘤治疗手段,肿瘤患者基因变异的情况同样影响化疗的治疗效 果。因此,检测肿瘤患者基因变异情况是实现肿瘤精准治疗的基础。
技术实现要素:
本公开有鉴于上述现有技术的状况而完成,其目的在于提供一种能够检测基因变 异的多基因检测用的探针库、杂交试剂盒和多基因检测的方法。 为此,本公开的第一方面提供了一种多基因检测用的探针库,其包括针对与多种 肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针,所述多个基因至少包括与化疗药物相关 的单核苷酸多态链所在的基因、靶向药物相关基因、以及用于免疫治疗的微卫星稳定性相 关的基因和病毒基因,针对所述单核苷酸多态链所在的基因而设计的探针包括SEQ  ID  NO︰ 1-SEQ  ID  NO︰5,针对所述靶向药物相关基因而设计的探针包括SEQ  ID  NO︰6-SEQ  ID  NO︰ 10,针对所述微卫星稳定性相关的基因而设计的探针包括SEQ  ID  NO︰11-SEQ  ID  NO︰15,针 对所述病毒基因而设计的探针包括SEQ  ID  NO︰16-SEQ  ID  NO︰19。在本公开中,探针库能够 利用针对与多种肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针捕获目的基因以检测基 因变异。 另外,在本公开的第一方面所涉及的探针库中,可选地,所述探针库被设计为用于 检测点突变、基因片段插入/缺失、拷贝数变化和融合/基因重排中的至少一种基因变异。由 此,能够检测至少一种基因变异。 另外,在本公开的第一方面所涉及的探针库中,可选地,所述探针库被设计为用于 3 CN 111575380 A 说 明 书 2/11 页 检测多种癌症的相关基因。由此,能够同时检测多种癌症的相关基因。 另外,在本公开的第一方面所涉及的探针库中,可选地,所述单核苷酸多态链所在 的基因包括UGT1A1、ERCC1、RRM1、TYMS,所述靶向药物相关基因包括VEGFA、KRAS、EGFR、ALK、 BRAF、MET,所述微卫星稳定性相关的基因包括D2S123、D18S64、PPP1R9B、D13S153、NR-21,所 述病毒基因包括HCV、HPV、HGV、HBV。由此,能够同时检测多种基因。 另外,在本公开的第一方面所涉及的探针库中,可选地,所述探针库被设计为用于 同时检测微卫星不稳定性和肿瘤负荷突变。由此,能够检测微卫星不稳定性和肿瘤负荷突 变。 另外,在本公开的第一方面所涉及的探针库中,可选地,所述多个基因包括ESR1、 CHEK2、APC、TP53、PALB2、PTCH1、ERBB2、FGFR3、CDK4、MDM2、XPC、MTHFR、GSTP1、DPYD、MTHFR、 GSTP1、CYP2D6。由此,能够同时检测多个基因。 另外,在本公开的第一方面所涉及的探针库中,可选地,所述探针库由SEQ  ID  NO︰ 1-SEQ  ID  NO︰19构成。由此,能够检测多个基因。 本公开的第二方面提供了一种多基因检测用的杂交试剂盒,其包括上述任一项所 述的探针库。由此,能够检测基因变异的情况。 本公开的第三方面提供了一种多基因检测的方法,其包括:(a)从样本中提取DNA; (b)基于步骤(a)的DNA构建DNA文库;(c)将所述DNA文库与上述任一项所述的探针库进行杂 交,并对杂交后的文库进行纯化;并且(d)将步骤(c)所获得的DNA结果进行测序,检测基因 变异。由此,能够检测基因变异的情况。 另外,在本公开的第三方面所涉及的检测方法中,在步骤(d)中,还可以检测至少 包括微卫星不稳定性和肿瘤负荷突变的肿瘤相关标签。由此,能够检测微卫星不稳定性和 肿瘤负荷突变。 根据本公开能够提供一种能够检测基因变异的多基因检测用的探针库、杂交试剂 盒和多基因检测的方法。 附图说明 图1是示出了本发明的实施方式所涉及的与多种肿瘤治疗相关的多个基因的检测 方法的流程图。 图2是示出了本发明的实施方式所涉及的DNA文库构建的流程图。
分享到:
收藏