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一种用于检测BRAF基因突变的核苷酸序列组及其应用


技术摘要:
本发明公开了一种核苷酸序列组,包括正向引物和反向引物,用于扩增含有突变位点的BRAF基因的一部分;正向引物的3’末端对应BRAF基因的突变位点、对应突变位点向BRAF基因5’端1‑10个碱基的位置或对应BRAF突变位点向BRAF基因3’端1‑10个碱基的位置;或者反向引物的3’  全部
背景技术:
BRAF是人类最重要的原癌基因之一,目前检测到的BRAF突变已逾30种,其中V600E 占80%以上,主要发生在黑色素瘤、结肠癌和甲状腺癌中,是RAS-RAF-MEK-ERK信号转导通 路重要的转导因子,主要通过有丝蛋白激酶通路中的丝氨酸苏氨酸蛋白激酶来发挥作用。 该酶将细胞表面的受体和RAS蛋白通过MEK和ERK与核内转录因子相连接,启动多种因子参 与调控细胞内多种生物学事件,如细胞生长、分化和凋亡等。该基因的突变,最常见的突变 为V600E,最常发生在黑色素瘤,非霍奇金淋巴瘤,大肠癌,甲状腺癌,非小细胞肺癌,多毛细 胞白血病和腺肺癌中。此外,BRAF突变与靶向药物西妥昔单抗及帕尼单抗的耐药相关。 BRAF基因V600E突变的黑色素瘤临床样本在V600E检测体系中具有特异性的扩增, 灵敏度和特异性均较高。AGAP3-BRAF融合基因会导致BRAF  V600E突变的黑色素瘤对维莫非 尼产生耐药。在BRAF  V600E突变的黑色素瘤细胞系中表达AGAP3-BRAF融合基因,会导致维 莫非尼耐药,然而,这些细胞仍然对MEK抑制剂(丝裂原活化抑制剂)较为敏感。BRAF基因是 一种原癌基因,如果出现了突变,身体患癌的可能性就比较大。而V600E是BRAF基因最容易 突变的一个位点。 经过大量研究证实,BRAF  V600E基因突变与甲状腺癌的诊断、治疗和判断预后都 有重要联系。BRAF  V600E突变发生在40%-70%的PTC中,而在FTC、MTC、嗜酸性细胞腺癌、腺 瘤和良性甲状腺增生中极少发现,因此BRAF  V600E可作为PTC临床鉴别诊断指标。因 BRAFV600E与PTC恶性特征具有相关性,与肿瘤大小等高风险特征呈正相关,可辅助PTC诊 断。 现有技术中活检侵袭性大、测序法操作复杂、成本高及周期长以及常规荧光定量 PCR检测方法灵敏度不够高。 因此,本领域技术人员致力于开发一种提高BRAF基因突变检测灵敏度的方法。
技术实现要素:
有鉴于现有技术中活检侵袭性大、测序法操作复杂、成本高及周期长以及常规荧 光定量PCR检测方法灵敏度仅能达到1%的缺陷,本发明所要解决的技术问题是提供一种提 高BRAF基因突变检测灵敏度的方法。 为实现上述目的,本发明的一个方面提供了一种核苷酸序列组。在一个具体实施 方式中,该核苷酸序列组包括正向引物和反向引物,用于扩增含有突变位点的突变型BRAF 基因的一部分;正向引物的3’末端对应突变型BRAF基因正义链中突变位点、突变位点向正 义链5’端10个碱基以及突变位点向正义链3’端10个碱基中任何一个碱基的位置;或者反向 引物的3’末端对应突变型BRAF基因反义链中突变位点、突变位点向反义链5’端10个碱基以 3 CN 111607646 A 说 明 书 2/9 页 及突变位点向反义链3’端10个碱基中任何一个碱基的位置。 可选地,正向引物或反向引物上包括人为突变位点;该人为突变位点使得正向引 物与突变型BRAF基因的反义链不能完全互补;或者该人为突变位点使得反向引物与突变型 BRAF基因的正义链不能完全互补。 可选地,人为突变位点位于距正向引物3’端1-10个碱基中任何一个的位置;或者 人为突变位点位于距反向引物3’端1-10个碱基中任何一个的位置。 在另一个
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